天上聖母是天后宮的主祀神，「主祀神」亦稱「主神」，是寺廟主要奉祀的神明，坐鎮於大殿中央，是寺廟內眾神明的「戶長」。神龕內有鎮殿媽、開基媽、二媽、三媽、四媽、五媽、湄洲媽等七尊神像，通稱媽祖。 道教尊稱為「輔斗元君」，由於分祀的來源迴異，乃有地區性的稱謂，如由甫田分祀者稱為「湄洲媽」；同安分祀者稱為「銀同媽」；泉州分祀者稱為「溫陵媽」。其祂又有太平媽、船頭媽、班鳩媽、紅面媽袓、黑面媽袓、金面媽袓等。道光十九年(一八三九)，封媽袓為「護國庇民妙靈昭應弘仁普濟天上聖母」。是為天妃、天后、天上聖母稱號的來源。
「同祀神」即所祀之神與主神並無宗教上之從屬關係，只是寺廟上同為祭祀之神。 註生娘娘： 又稱註生媽，是主司懷孕、生產、保護幼孩的女神；也即主司生育、保佑孕婦、產婦和褓幼之神。
「同祀神」即所祀之神與主神並無宗教上之從屬關係，只是寺廟上同為祭祀之神。 福德正神： 台灣地處海島，開發較遲，先民從唐山東渡台灣，面對荒蕪荊棘的土地，胼手胝足的辛勤墾耕時，內心自然對土地祈求豐收，於是田邊路頂，隨處可見簡陋的土地廟，故台地有「田頭田尾土地公」的俗諺。
陪祀神仍為同祀神的一種，僅因祀奉於正殿神龕內，居於次要的陪襯地位。 鎮殿媽祖左側為順天聖母、三山國王(大王)、成都大帝、白府千歲；右側為許真人、孚佑帝君、文衡聖帝、太白金星、王天君、關平、周倉。 開基媽祖前方為李府千歲、池府千歲、吳府千歲、水僊尊王、鍾府中軍、三山國王(二王、三王)。
旗津媽祖身旁的兩大護法，一位右手持戟、左手舉至前額做遠觀狀，而另一位右手持斧、側臉作聽聲狀，最特別的是兩尊將軍面容威而不嚴、肌理線條彷彿真人，身材比例極佳可說是旗津天后宮的鎮宮之寶之一，打破以往印象中的千里眼、順風耳形象，為神聖嚴肅的廟宇增添了親民的感覺。 #千順界的型男旗津天后宮限定
旗津媽祖身旁的兩大護法，一位右手持戟、左手舉至前額做遠觀狀，而另一位右手持斧、側臉作聽聲狀，最特別的是兩尊將軍面容威而不嚴、肌理線條彷彿真人，身材比例極佳可說是旗津天后宮的鎮宮之寶之一，打破以往印象中的千里眼、順風耳形象，為神聖嚴肅的廟宇增添了親民的感覺。 #千順界的型男旗津天后宮限定
案桌下虎爺將軍，傳說虎爺有一般老虎的兇悍威力，有驅逐疫癘和惡魔以鎮護廟羽的功用，因此寺廟神案下均供虎之塑像，成為寺廟不可或缺之角色。天后宮的虎爺將軍是逗人喜愛的黃色虎之形態。有純真善良的神威，高而肥寬的鼻孔，圓圓突出的大眼睛，兩腿前伸作虎視眈眈狀；一條波浪的線條成為嘴形，嘴角兩端露出尖銳的牙齒，象徵兇猛的氣概。
